为适应生产经营的需要,2000年公司投资300多万元成立了新药研发机构----技术部。吸收从事该工作5年以上药学本科毕业生和医学相关人员15人组成。技术研发部成立以来一直以超前、创新、拼搏、求实、精益求精为企业理念，开展新药研发及解决工艺技术难题攻关和质量保证工作。并于中国中医研究院及北京西苑医院等各大院校、科研单位和药品使用单位紧密联系，紧跟市场需求的变化，对多项生产工艺进行大胆改造，采用先进工艺，对六味地黄丸、栀子金花丸、清胃黄连丸等产品进行技改。在确保高效的前提下采用高速气流粉碎工艺，大大提高了有效成份的生物利用度及溶出速率。从而结束了传统丸剂起效慢的缺陷，深受患者好评。

    在新产品开发方面，技术研发部大胆采用大孔吸附树脂富集有效成份的办法，将原服用10g改为1g。与中国中医研究院联合研制了以金莲花为主药的治疗小儿高烧类的药品“金莲清热”系列新药。

    现在公司技术研发部配备了气相、液相、红外、紫外线、薄层扫描、质谱、核磁共振等大型设备，具备化合物结构研究小平，为保证产品质量和新药研发提供了硬件保证。2006年是孔圣堂制药夯实基础，稳步发展的一年，本着"生产一代，研发一代，储备一代”的精神，孔圣堂技术研发部进一步制定了技术研发方案，建立健全了质量控制标准，完善各项规章制度，充分发挥科学技术是第一生产力的作用，为生产和销售领跑，为孔圣堂的发展保驾护航。